Oprócz muzeum w Sanoku, które posiada obecnie najszerszy zbiór dzieł Beksińskiego, znaczące kolekcje posiadają:
W Miejskiej Galerii Sztuki w Częstochowie pod nazwą Beksiński. Wystawionych jest tu 30 obrazów artysty i 30 jego rysunków z okresu młodości. Prace te pochodzą z kolekcji Anny i Piotra Dmochowskich.
Muzeum we Wrocławiu posiada wiele prac z okresu abstrakcyjnego, darowanych przez Beksińskiego, gdy opuszczał on Sanok i nie wiedział, co zrobić z nagromadzonymi w domu pracami.
Największa prywatna kolekcja obrazów i rysunków Beksińskiego należy do Anny i Piotra Dmochowskich (w przypadku dwóch obrazów proces sądowy rozstrzygnął, iż dzieła przysługują sanockiemu muzeum).
W październiku 2016 roku w Nowohuckim Centrum Kultury została otwarta Galeria Zdzisława Beksińskiego w Krakowie, trzecia w Polsce (po Sanoku i Częstochowie) stała wystawa prac artysty. Galeria prezentuje 50 obrazów, które zostały przekazane Nowohuckiemu Centrum Kultury w depozyt przez Annę i Piotra Dmochowskich. Depozyt obejmuje także 100 rysunków oraz 100 fotografii Beksińskiego, które są prezentowane podczas wystaw czasowych.